Index

_

__init__() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnParameters method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method) (pyPLNmodels.ZIPln method)

A

AIC (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

B

batch_size (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property) best_AIC_model_rank (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property)

best_BIC_model_rank (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) best_model() (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method) BIC (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

C

closed_formula_latent_prob (pyPLNmodels.ZIPln property) coef (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnParameters property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property) coef_inflation (pyPLNmodels.PlnParameters property) (pyPLNmodels.ZIPln property) components (pyPLNmodels.PlnParameters property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

compute_elbo() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method) covariance (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnParameters property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property) covariance_a_posteriori (pyPLNmodels.PlnPCA property)

D

dict_data (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property) dim (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

display_covariance() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method)

E

endog (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

exog (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnParameters property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

F

fit() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method) (pyPLNmodels.ZIPln method) fitted (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

from_formula() (pyPLNmodels.Pln class method) (pyPLNmodels.PlnPCA class method) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection class method) (pyPLNmodels.ZIPln class method)

G

get() (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method) get_simulation_parameters() (in module pyPLNmodels) grad_C() (pyPLNmodels.ZIPln method) grad_M() (pyPLNmodels.ZIPln method)

grad_rho() (pyPLNmodels.ZIPln method) grad_S() (pyPLNmodels.ZIPln method) grad_theta() (pyPLNmodels.ZIPln method) grad_theta_0() (pyPLNmodels.ZIPln method) gradients_closed_form_thetas() (pyPLNmodels.ZIPln method)

I

items() (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method)

K

keys() (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method)

L

latent_mean (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property) latent_parameters (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property) latent_prob (pyPLNmodels.ZIPln property) latent_sqrt_var (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property) latent_variables (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

latent_variance (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property) load_model() (in module pyPLNmodels) load_pln() (in module pyPLNmodels) load_plnpca() (in module pyPLNmodels) load_plnpcacollection() (in module pyPLNmodels) loglike (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property) loglikes (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property)

M

model_parameters (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

N

n_samples (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property) nb_batches (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property) nb_cov (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

nb_iteration_done (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property) number_of_parameters (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

O

offsets (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnParameters property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property) (pyPLNmodels.ZIPln property)

optim_parameters (pyPLNmodels.Pln property) (pyPLNmodels.PlnPCA property) (pyPLNmodels.ZIPln property) ortho_components (pyPLNmodels.PlnPCA property)

P

pca_projected_latent_variables() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method) Pln (class in pyPLNmodels) PlnParameters (class in pyPLNmodels) PlnPCA (class in pyPLNmodels) PlnPCAcollection (class in pyPLNmodels) plot_expected_vs_true() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method)

plot_pca_correlation_graph() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method) predict() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method) predict_prob_inflation() (pyPLNmodels.ZIPln method) projected_latent_variables (pyPLNmodels.PlnPCA property)

Q

qq_plots() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method)

R

rank (pyPLNmodels.PlnPCA property)

ranks (pyPLNmodels.PlnPCAcollection property)

S

sample_pln() (in module pyPLNmodels) save() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method) (pyPLNmodels.ZIPln method) scatter_pca_matrix() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method) show() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method) (pyPLNmodels.ZIPln method)

sigma() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method) sk_PCA() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method)

T

transform() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method)

V

values() (pyPLNmodels.PlnPCAcollection method) viz() (pyPLNmodels.Pln method) (pyPLNmodels.PlnPCA method) (pyPLNmodels.ZIPln method)

Z

ZIPln (class in pyPLNmodels)